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甘蓝型油菜PIN家族基因的鉴定与生物信息学分析

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成果类型:
期刊论文
论文标题(英文):
Identification and Bioinformatics Analysis of the PIN Family Gene in Brassica napus
作者:
高堃;华营鹏;宋海星;官春云;张振华;...
作者机构:
湖南农业大学资源环境学院, 湖南, 长沙, 410128
南方粮油作物协同创新中心, 南方粮油作物协同创新中心, 湖南, 长沙, 410128
国家油料作物改良中心湖南分中心, 国家油料作物改良中心湖南分中心, 湖南, 长沙, 410128
[高堃; 华营鹏; 宋海星; 张振华; 周婷] 湖南农业大学资源环境学院, 湖南, 长沙, 410128 南方粮油作物协同创新中心, 南方粮油作物协同创新中心, 湖南, 长沙, 410128
[官春云] 国家油料作物改良中心湖南分中心, 国家油料作物改良中心湖南分中心, 湖南, 长沙, 410128
语种:
中文
关键词:
甘蓝型油菜;生长素;家族基因;生物信息学
关键词(英文):
PIN
期刊:
作物学报
ISSN:
0496-3490
年:
2018
卷:
44
期:
9
页码:
1334-1346
基金类别:
2017YFD0200103:国家重点研发计划 31101596:国家自然科学基金 31372130:国家自然科学基金 30555|550100100021:科研启动基金 17QN40:湖南农业大学青年项目 :现代农业产业技术体系建设专项
机构署名:
本校为第一机构
院系归属:
资源环境学院
摘要:
PIN家族基因是一类调控植物生长素极性运输的重要载体元件,PIN基因编码生长素输出蛋白,介导生长素在植物体的运输,然而在基因组较复杂的甘蓝型油菜中缺乏系统研究。本研究运用生物信息学方法在甘蓝型油菜全基因组数据库筛选甘蓝型油菜PIN家族基因,对鉴定出的29个Bn PINs基因开展拷贝数变异、分子特征、跨膜结构域、保守基序、染色体定位、系统进化树构建、PIN蛋白二级结构及三级结构预测等研究,结合高通量转录组测序进行低氮胁迫下的转录水平分析。结果表明,甘蓝型油菜PIN家族基因拷贝数明显多于拟南芥、甘蓝和白菜所具有的PIN家族基因数量;Bn PINs蛋白多属于由碱性氨基酸组成的稳定蛋白,含有保...
摘要(英文):
The PIN family is a type of important carrier elements that regulate the polar transportation of auxin. The PIN genes encode auxin efflux carriers with multiple transmembrane domains that mediate auxin transport in plants. However, there is a lack of systematic research in the genome of complexity Brassica napus. In this study, the BnPIN genes were screened from the Brassica Database using bioinformatics, and study on molecular characteristics of BnPIN proteins, such as copy number variations, transmembrane domains, conserved motifs, chromosoma...

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