期刊论文

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园艺学报

0513-353X

2012

39

1

168-174

10.16420/j.issn.0513-353x.2012.01.006

国家重点基础发展计划项目（2009CBll9000） 国家自然科学基金项目（31101425） 国家大宗蔬菜产业技术体系项目（CARS-25-B.01） 公益性行业（农业）科研专项（201103018）

本校为第一机构

利用SSR检索程序从两个辣椒转录组共221037条unigenes（97-3Mb）中筛选得到17319个SSR位点（7．83％），其发生频率为1／56kb。其中以单核苷重复基序为主导类型，占总SSR的56．30％；其次是二、三核苷酸重复基序，其出现频率分别为19．16％和23．18％。对所有含SSR位点EST序列设计的10468对引物进行E-PCR多态性检测，获得1538对E．PCR多态性引物。随机选取20对引物进行验证，其中7对（36．84％）在10个不同类型辣椒材料中表现出多态性，PIC值范围为0．33-0．89，平均为0．67，将10个辣椒材料分为3类。这些潜在的多态性EST-SSR的开发为辣椒遗传多样性分析、图谱构建提供了更丰富的候选分子标记。...

In this study, we investigated 221 037 unigenes （97.3 Mb） from two transcriptome in pepper using SSR finding soft. In total, 17 319 （7.83%） SSRs were identified from these SSR-containing unique ESTs with the occurring frequency of 1/56 kb. Among, single nucleotide type （56.30%）is the most abundant, followed by di（19.16%）, tri （23.18%） . A total of 10 468 primer pairs were successfully designed and 1 538 primer pairs exhibited polymorphism by EPCR 19 out of 20 primer pairs selected at random yielded amplification products, of which 7 p...