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结合宏基因组末端随机测序和16S rDNA技术分析温室黄瓜根围土壤细菌多样性

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成果类型:
期刊论文
作者:
赵志祥;罗坤;陈国华;杨宇红;茆振川;...
通讯作者:
Xie, B.
作者机构:
[赵志祥; 罗坤; 刘二明] 湖南农业大学生物安全科技学院
[陈国华; 杨宇红; 茆振川; 谢丙炎] 中国农业科学院蔬菜花卉研究所
通讯机构:
Institute of Vegetables and Flowers, Chinese Academy of Agricultural Science, China
语种:
中文
关键词:
土壤细菌多样性;末端测序;16S rRNA基因克隆文库;宏基因组文库
关键词(英文):
16S rRNA gene library;End-random sequencing;Metagenomic library;Soil bacterial diversity
期刊:
生态学报
ISSN:
1000-0933
年:
2010
卷:
30
期:
14
页码:
3849-3857
基金类别:
国家重点基础研究发展计划资助项目(2009CB119000) 公益性行业(农业)科研专项经费资助项目(3-25 nyhyzx07-050) 国家“十一五”科技支撑计划资助项目(2006BAD07B03 2006BAD08A08 2006BAD17B08)
机构署名:
本校为第一机构
院系归属:
植物保护学院
摘要:
土壤细菌在温室土壤环境中具有十分重要的生态功能, 与温室作物以及微生物内部存在互作关系. 研究土壤细菌的群落结构组成, 有助于了解土地利用变化与生态环境效应之间的关系. 结合16S rRNA基因克隆文库和宏基因组末端测序对温室黄瓜根围土壤细菌的多样性进行了分析. 在16S文库中, 根据97%的序列相似性水平划分OTU, 共有35个OTU, 其中优势菌群是γ-Proteobacteria, 其次为Firmicutes, Bacillus为优势细菌. 在纲分类水平上, 16S文库和宏基因组末端测序结果均包含γ-Proteobacteria、α-Proteobacteria、δ-Proteobacteria、β-Proteobacteria、Actinomycetales和Firmicutes, 各纲比例有差别;在优...
摘要(英文):
Soil bacteria play an important ecological role in the ecosystem of soil in greenhouse and in the exchange of energy and substance, and have a significant inter- or intra interaction between bacterial community and greenhouse crops. Understanding of the composition of soil bacterial communities is benefit to reveal the relationship between the change of land use and the effects of entironment. In this study, total microbial genomic DNA from soil was extracted and purified by density gradient centrifugation, and 16S rRNA gene was amplified using...

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