以草鱼和鲤为材料,提取基因组DNA,制备RAPD-PCR模板,对3个随机引物盒共60个10-mer引物进行了PCR扩增,共筛选出7个较理想的可用于鱼种内或鱼种间群体遗传分析的随机引物。用这7个引物所获得的草鱼和鲤的RAPD指纹图谱平均带纹总数分别为4.28±1.89和6.71±4.19,多态性带纹总数分别为1.71±1.60和5.14±4.74。RAPD指纹图谱特征反映出草鱼比鲤具有更高的遗传纯度。7个引物共扩增出草鱼特异性带纹18条,鲤特异性带纹32条。大量特异性带纹的检出表明,两个鱼种间存在较大的遗传差异,同时也为鱼种间基因转移(特别是全基因组DNA导入)提供了分子检测的候选遗传标记。