基于山茶转录组的SSR标记开发及亲缘关系分析

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成果类型：

期刊论文

论文标题(英文)：

Development of SSR markers based on transcriptome of Camellia japonica and analysis of genetic relationship

作者：

潘丽芹;李纪元;李绍翠;范正琪;殷恒福;...

通讯作者：

Li, J.

作者机构：

[范正琪; 李绍翠; 李纪元; 殷恒福] Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Fuyang, Zhejiang 311400, China

Research Institute of Horticultural Plants, Taizhou Vocational College of Science & Technology, Taizhou, Zhejiang 318020, China

Horticulture & Landscape College, Hunan Agricultural University, Changsha, Hunan 410128, China

[潘丽芹] Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Fuyang, Zhejiang 311400, China, Research Institute of Horticultural Plants, Taizhou Vocational College of Science & Technology, Taizhou, Zhejiang 318020, China

[何丽波] Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Fuyang, Zhejiang 311400, China, Horticulture & Landscape College, Hunan Agricultural University, Changsha, Hunan 410128, China

通讯机构：

[Li, J.] R

Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Fuyang, Zhejiang, China

语种：

中文

关键词：

山茶;转录组;标记;亲缘关系

关键词(英文)：

SSR

期刊：

北京林业大学学报

ISSN：

1000-1522

年：

2019

卷：

期：

页码：

111-120

DOI：

10.13332/j.1000-1522.20190101

基金类别：

浙江省农业(林木)新品种选育重大科技专项(2016C02056-12) 政府间国际科技创新合作重点专项(2016YFE0126100).

机构署名：

本校为第一机构

院系归属：

园艺园林学院

摘要：

【目的】开发基于山茶转录组的EST-SSR分子标记,并应用该标记进行山茶种质的亲缘关系分析。【方法】本研究以山茶叶片转录组测序所获得的50 518条Unigenes为背景数据,利用MISA软件搜索SSR标记,设计并筛选SSR多态性引物,对8份山茶种质进行了UPGMA聚类。【结果】共检索到13 197个SSR位点,SSR的发生频率和分布频率分别为19.52%、26.12%,平均分布距离为4.33 kb;在6种SSR重复类型中,以单、二、三核苷酸这3种重复类型为主,分别占48.420%、34.917%和15.473%;出现频率高的基序类型为A/T、AG/CT和AT/TA,占总SSR位点的79.61%;三核苷酸中以AAG/CTT、ACC/GGT、AAT/ATT类型居多;在设计出的10 974对引物中,随机...

摘要(英文)：

[Objective]Develop the EST-SSR markers based on transcriptome sequencing and apply these markers to analyze the genetic relationships of Camellia germplasms. [Method]Using 50 518 Unigenes obtained from the transcriptome sequencing of C.’Red Leaved Black Magic’ leaves as background data, SSR markers were searched out, and polymorphic primers were then designed and screened to construct the UPGMA evolutionary tree for 8 Camellia germplasms.[Result]13 197 SSR sites were founded out. The occurrence frequency and the distribution frequency were es...

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