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蛋白质相互作用研究中的计算方法综述

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成果类型:
期刊论文
作者:
李舟军;陈义明;刘军万;陈火旺
通讯作者:
Li, Z.(lizj@buaa.edu.cn)
作者机构:
[陈义明; 李舟军; 刘军万; 陈火旺] College of Computer, National University of Defense Technology, Changsha 410073, China
[刘军万] School of Computer Science, South Center University of Forest Science and Technology, Changsha 41000, China
[李舟军] School of Computer Science and Engineering, Beihang University, Beijing 100083, China
[陈义明] School of Information Science and Technology, Hunan Agricultural University, Changsha 410128, China
通讯机构:
College of Computer, National University of Defense Technology, China
语种:
中文
关键词:
蛋白质相互作用;相互作用预测;PPI网络参数;PPI网络模型;图论分析
关键词(英文):
Graph theory analysis;Interaction prediction;PPI network model;PPI network parameter;Protein-protein interaction
期刊:
计算机研究与发展
ISSN:
1000-1239
年:
2008
卷:
45
期:
12
页码:
2129-2137
基金类别:
国家自然科学基金项且(60573057,60473057,90604007) 湖南农业大学人才科学基金项目(06YJ16)
机构署名:
本校为其他机构
院系归属:
信息科学技术学院
摘要:
随着分子生物学的研究进入以蛋白质组学为标志的后基因组时代,蛋白质相互作用成为蛋白质组学研究的一个重要主题.因为计算方法代价低和周期短的特点,它被广泛地用来分析相互作用数据从而指导生物学家的实验设计.从蛋白质相互作用网络的构建到分析两个方面综述了蛋白质相互作用研究中的各种计算方法:介绍了通过机器学习方法预测、文本挖掘和评估相互作用的各种技术;特别详细地阐述了相互作用网络的重要参数和典型生物模型,并对运用图论方法分析和计算的各种算法进行了深入的剖析;最后,对蛋白质相互作用的计算研究进行了总结和展望.
摘要(英文):
With molecular biology research coming into the post-genome era focusing on proteomics, protein-protein interaction (PPI) has become an important topic of proteomics. The computational methods are widely used to analyze PPI data and guide experimental design for biologists, because they only need lower cost and have a shorter experimental period. In two aspects of constructing PPI network and analyzing it, all kinds of computational methods are surveyed. When it comes to constructing PPI network, some technologies, which use machine learning methods, are introduced, such as predicting PPI from...

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